食品甲厂具有糖、奶、淀粉等产地资源优势，但因生产技术落后，产品长期滞销，便从某市食品乙厂引进技术和“光明”奶糖商标。双方签订注册商标使用许可合同中规定，商标的使用期限为五年，使用商标商品的年产量为1500吨，使用许可费以甲厂盈利额的15％按年支付。另外，合同中还规定双方的权利、义务以及一方违约，另一方有权单独解除合同条款。合同签订后乙厂较重视技术指导和商品技师监督，而忽视将合同书副本交当地工商行政管理机关存档、备案，经多次催交仍不办理，工商行政管理机关则责令限期改正，乙厂借故业务太忙拒不改正。工商行政管理机关报请商标局撤销其注册商标，不久，商标局作出撤销其“光明牌”注册商标的决定，并书面通知乙，同时收回被许可人的商标标识。 在“光明牌”商标使用许可合同执行期间，因甲厂管理混乱而盈利甚微，除支付乙厂的技术改装费外，从未交付商标使用费。当知道该商标被撤销后，更不愿交付使用费，也不向工商行政管理机关交出商标标识，而是将“光明牌”奶糖商标中的R标记涂掉，当作未注册商标继续使用。乙厂向法院起诉，追究甲厂的违约责任和侵犯其注册商标专用权，要求赔偿损失。

根据上述案情，请问答：
（1）对被撤销的商标能否立即申请注册或者当作未注册商标使用？
（2）工商行政管理机关的做法是否妥当？
（3）对乙厂的起诉，法院应如何处理？