综合作业：结合项目背景分析该合同签订的条款有哪些不妥之处，至少说出五点不妥之处并修改。（占总成绩35%）
背景：
某建设单位（甲方）拟建造一栋3600m2的职工住宅，采用工程量清单招标方式由某施工单位（乙方）承建。甲乙双方签订的施工合同摘要如下：
一、协议书中的部分条款
1．合同工期
计划开工日期：2021年10月16日；计划竣工日期：2022年9月30日；工期总日历天数：330d（扣除春节放假18d）。
2．质量标准
工程质量符合：甲方规定的质量标准。
3．签约合同价与合同价格形式
签约合同价：人民币（大写）陆佰捌拾玖万元（ ￥6890000.00元），
其中：①安全文明施工费为签约合同价5%；②暂列金额为签约合同价5%。
合同价格形式：总价合同。
4．项目经理
承包人项目经理：在开工前由承包人采用内部竞聘方式确定。
5．合同文件构成
本协议书与下列文件一起构成合同文件：
①中标通知书；②投标函及投标函附录；③专用合同条款及其附件；④通用合同条款；⑤技术标准和要求；⑥图纸；⑦已标价工程量清单；⑧其他合同文件。
上述文件互相补充和解释，如有不明确或不一致之处，以上述顺序作为优先解释顺序（合同履行过程中另行约定的除外）。
二、专用条款中有关合同价款的条款
1．合同价款及其调整
本合同价款除如下约定外，不得调整。
（1）当工程量清单项目工程量的变化幅度在15%以外时，合同价款可作调整。
（2）当材料价格上涨超过5%时，调整相应分项工程价款。
2．合同价款的支付
（1）工程预付款：于开工之日支付合同总价的10%作为预付款。工程实施后，预付款从工程后期进度款中扣回。
（2）安全文明施工费：发包人在开工后28d 内预付安全文明施工费总额的50%，其余部分与进度款同期支付。
（3）工程进度款：基础工程完成后，支付合同总价的10%；主体结构三层完成后,支付合同总价的20%；主体结构全部封顶后，支付合同总价的20%；工程基本竣工时,支付合同总价的30%。为确保工程如期竣工，乙方不得因甲方资金的暂时不到位而停工和拖延工期。
（4）竣工结算：工程竣工验收后，进行竣工结算。结算时按工程结算总额的3%扣留工程质量保证金。在保修期（50年）满后，质量保证金及其利息扣除已支出费用后的剩余部分退还给乙方。
三、补充协议条款
在上述施工合同协议条款签订后，甲乙双方又接着签订了补充施工合同协议条款。摘要如下：
补1．木门窗均用水曲柳板包门窗套；
补2．铝合金窗90系列改用42型系列某铝合金厂产品；
补3．挑阳台均采用42型系列某铝合金厂铝合金窗封闭。
问题：
该合同签订的条款有哪些不妥之处？如有，应如何修改？
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